Alors que Mikan pensait avoir réussi à se rapprocher de Natsumé, l'énigmatique garçon semble redevenu froid et distant. Mikan apprend qu'il est de constitution fragile. Serait-ce en raison de son mystérieux pouvoir, un pouvoir que Natsumé qualifie lui-même de dangereux ? Pendant ce temps, deux drames se produisent : Yû Tobita, le délégué de classe, a perdu son pouvoir et se retrouve exclu de l'Académie ! Quant à Hotaru, la meilleure amie de Mikan, elle est hospitalisée et son état jugé préoccupant?

La mystérieuse organisation « Z » était donc à l'origine de la disparition de l'Alice de la déléguée et de la maladie de Hotaru ! En effet, il ne fait plus aucun doute que ses membres sont en mesure de voler les pouvoirs des élèves. Mais comment faire pour les retrouver ? L'existence d'un passage secret magique, situé au coeur de l'école, pourrait bien conduire jusqu'à eux. Mikan décide de faire partie de l'expédition, mais une fois le passage franchi, le groupe se retrouve perdu dans un lieu inconnu?

Mikan et ses amis parviennent jusqu'aux dirigeants de l'organisation anti-Alice « Z ». Mais ils se jettent quasiment dans la gueule du loup, car leur ennemi les attend de pied ferme et semble particulièrement intéressé par le pouvoir de Natsumé, dit le « chat noir », qui possède un Alice du feu extrêmement puissant. Mais plus le garçon fait appel à son pouvoir et plus son espérance de vie et sa santé déclinent. Mikan parviendra-t-elle à sauver ses amis ? Ne manquez pas la fin de l'arc « Z » !

 Après avoir réduit les ambitions de l'organisation « Z » à néant, le calme et la paix semblent être revenus à l'Académie Alice. Chacun s'affaire à préparer Noël dans la bonne humeur, même si malgré la joie apparente, les vieilles querelles reviennent toujours ! Après nombre de mésaventures, les élèves se préparent pour le bal de fin d'année et tous les éléments se conjuguent pour que la relation entre Mikan et Natsumé prenne un tournant décisif? Pour notre plus grand plaisir !

C'est le jour du nouvel an, et également celui de l'anniversaire de Mikan qui fête ses 11 ans ! Hotaru est conviée à la « flower garden party », et Mikan reçoit une balle magique qui lui permet d'y assister aussi. Mais alors que Natsumé essaye de la mettre en garde et de l'empêcher de se rendre à cette fête douteuse, Tsubasa use d'un sortilège qui oblige les élèves à rester collés ensemble pour une durée limitée ! Natsumé et Mikan, incapables de se séparer, doivent se résoudre à dormir ensemble?