Mikan a découvert que son 2e alice est celui du vol. Peu après, Tsubasa est porté disparu ! Pendant ce temps, le directeur du Primaire a porté ses vues sur Mikan, car il convoite l'alice du vol. M. Narumi, inquiet pour cette dernière, lui propose de s'enfuir, mais...

Son alice du vol étant convoité par le directeur du Primaire, Mikan s'est réfugiée dans le lycée mais y apprend les faits bouleversants entourant sa naissance ! Puis, accompagnée de Natsumé, Hotaru et Luca, elle décide de faire un voyage temporel dans le passé, à l'Académie Alice. Quelle vérité vont-ils découvrir ?  C'est le début de l'arc “le Passé de l'Académie” !

Pour connaître la vérité, Mikan et ses amis ont entrepris un voyage dans le passé de l'Académie, grâce à l'alice de M. Noda ! S'y entrelacent les différents sentiments de Yuka, la mère de Mikan, de son père Izumi, du jeune M. Narumi… Puis, un lien unissant Mikan et Natsumé est révélé. C'est alors que dans l'espace/temps, le petit groupe retrouve un certain personnage de manière inattendue...

Mikan et les autres sont en plein voyage dans le passé ! Enfin, les sentiments entre sa mère Yuka et son père Izumi se dévoilent...C'est là que Mikan tombe de l'espace-temps et se retrouve au beau milieu de l'académie de l'époque. Cet accident soudain provoque un déchaînement des vagues spatio-temporelles. De plus, le lien entre Yuka et le directeur du primaire est enfin révélé !

Dans le passé de l'académie, Mikan a été témoin de la rencontre et de la séparation irréversible de ses parents Yuka et Izumi, ainsi que de l'opposition du directeur du primaire ! Face aux sentiments de sa mère pour elle, elle prend une décision...Sachant tout du passé, le petit groupe retourne dans le présent, mais… Avec la fin de l'arc du passé de l'Académie Alice, la vérité est enfin révélée !